Yoichi Isagi estava a poucos momentos de marcar um gol que teria enviado seu time de futebol do ensino médio para os nacionais, mas uma decisão em uma fração de segundo de passar a bola para seu companheiro de equipe custou-lhe essa realidade. Amargurado, confuso e desapontado, Isagi se pergunta se o resultado teria sido diferente se ele não tivesse feito o passe. Quando o jovem atacante volta para casa, um convite da Federação Japonesa de Futebol o aguarda. Por meio de um processo de tomada de decisão arbitrário e tendencioso, Isagi é um dos trezentos atacantes sub-18 selecionados para um projeto polêmico chamado Blue Lock.
O objetivo final do projeto é transformar um dos jogadores selecionados no artilheiro da seleção japonesa. Para encontrar o melhor participante, cada diamante bruto deve competir contra outros através de uma série de competições individuais e em equipe para chegar ao topo. Deixando de lado suas objeções éticas ao projeto, Isagi se sente compelido a lutar para chegar ao topo, mesmo que isso signifique esmagar impiedosamente os sonhos de 299 jovens aspirantes a atacantes.
